따라서 학교보건위원회와 교육환경보호위원회의 통합은 추진하지 말아야 한다. 대신 학교보건위원회와 교육환경보호위원회에 교원, 학부모 등의 참여를 적극 확대하여 현장성을 강화하고, 실효성을 강화하기 위한 관련 법 규정을 법률로 명시하여 제 역할에 충실할 수 있도록 하여야 한다.
교육환경보호원은 행정기관이 아니라 연구기관으로 국무총리 산하에 두고, 관련 행정의 주체는 지자체로 통합하여, 학교-지자체-부처간 유기적 행정이 가능하도록 입법하여야 한다. 건강한 교육 환경을 조성하기 위한 교육환경 평가, 환경위생정화구역 제 정비는 교육행정기관 단독으로 관리하는 데 한계가 있다.
특히 환경위생정화구역 내 시설은 그동안 직업 선택의 자유와 학습권 등의 갈등, 규제 개혁 관련 등 사회적 합의가 필요하고, 필요시 행정권을 행사할 수 있어야 한다.
특히 본 법안이 규정하는 교육환경 평가의 대상은 학교 용지 예정지 등의 위치, 크기·외형, 지형·토양 환경, 대기환경, 주변 유해환경, 공공시설 등으로 학교, 지자체, 부처 간 유기적인 행정을 통해 관리하여야 한다.
이러한 유기적인 행정과 사회적 합의를 위하여는 지방자치단체가 주체가 되어 관련 행정을 주관하고, 교육부, 학교 등과 실제적으로 행정을 연계할 수 있도록 입법하는 것이 필요하다.
또한 교육환경 보호 업무를 위한 관련 데이터 베이스 구축, 이력 관리, 시·도간 금지행위에 대한 통일적인 판단을 위한 근거 마련 등은 전문적인 연구 및 평가가 필요한 부분으로, 교육환경보호원은 행정기관이 아니라 연구기관으로 신설하되, 업무의 특성상 연구와 행정의 유기적인 통합이 필요하므로 단독 법인으로 설립하는 것보다는 국무총리 산하의 인문사회경제연구소처럼 국무총리 산하기관으로 신설하는 것이 그 실효성을 담보할 수 있을 것이다.
단위학교에 기존의 교직원과는 별도로 교육환경시설관리자를 새로이 두어 교육환경보호를 전문적으로 시행할 수 있도록 입법하여야 한다. 학교의 교육환경을 보호하기 위한 실행력과 전문성을 담보하기 위하여는 행정의 유기적 통합 및 관련 기관의 설립 뿐만 아니라, 무엇보다 학교에 전문성을 갖춘 인력을 배치하는 것이 절실하다.
따라서 본 법안에 학교에는 기존의 교직원과 별도로 교육환경시설관리자를 새로이 두는 법률을 제정하여야 한다.
학교의 교육 환경에는 교사(校舍) 안에서의 환기·채광·조명·온도·습도의 조절, 상하수도·화장실의 설치 및 관리, 오염공기·석면·폐기물·소음·휘발성유기화합물·세균·먼지 등의 예방 및 처리 등 환경위생과 식기·식품·먹는 물의 관리 등 환경 위생 뿐만 아니라, ‘대기환경보전법’, ‘악취방지법’ 및 ‘수질 및 수생태계 보전에 관한 법률’에 따른 배출허용기준 또는 ‘소음·진동 관리법’에 따른 규제기준을 초과하여 학습과 교육환경에 지장을 주는 행위 및 시설 등을 비롯한 다양한 금지 시설 및 행위에 대한 이해 역시 필수적인 바, 법률로서 단위 학교에서 전문적인 업무를 담당할 직원을 규정하여 학생의 학습권을 실질적으로 보장하여야 한다.
또한 외부에 교육환경평가사를 두는 것은 적합하지 않으며, 각 단위학교에서 교육환경을 담당하는 ‘교육환경관리자’(혹은 교육환경실무사)를 두는 것이 바람직하다.
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